Как решить проблему адаптивности?

Переделывать долго не придется. Только классы прописать и бутстрап прилинковать

Какой ajax upload подойдет?

Возможно ограничение на серверной стороне

Почему нельзя получить доступ к $_GET, когда она на самом деле есть?

Возможно mod_rewrite виноват - проверьте. У меня больше нет пока идей

Почему нельзя получить доступ к $_GET, когда она на самом деле есть?

a var_dump($_GET); что дает? Если пустой, то попробуйте вначале скрипта поймать гет в переенную, например $get = $_GET, и работать уже с ней.

Вместо перехода в PHPMYADMIN скачивается файл,что делать?

steep-user: А что по вашему делает команда apt-get install?

Вместо перехода в PHPMYADMIN скачивается файл,что делать?

apt-get install вполне неплохо ставит его

Как обойти ошибку 499 nginx?

Не совсем то что нужно. У нас nginx сам веб сервер. И апача на сервере нет. Директива ничего не дает.