Писал уже Вам в другом вопросе, Вы зашли в новый фреймворк и вместо того, чтобы изучить последовательно доку, посмотреть курсы, ядро, идете сюда и задаёте вопросы, ответы на которые уже есть в вышеперечисленных источниках.
Почему битрикс должен видеть мой класс и где он должен находиться?
Потому, что автодолоадер классов.
Как работает автозагрузчик? Везде ли он работает?
Отает в доке и ядре.
Есть ли проблемы с версиями? Отличия ядер битрикса или ещё какой черной магии?
Вы серьезно думаете, что тут вам будут рассказывать про отличия ядер? А самому посмотреть список обновлений ядра на офф сайте?
Как настроить defaultNamespace и namespaces в .settings.php, чтобы всё заработало?
В первой ссылке ответ на 2й странице "Контроллер", или дальше 1й не читали?
Есть ли где-то полностью рабочий пример реализации своего класса, с описанием того где файлы и почему они там?
Есть. В примерах доки и практически любом битриксовом модуле.
Какая именно должна быть ссылка для проверки роута?
В первой ссылке ответ на 2й странице "Контроллер"(а да, вы же дальше 1й стараницы не дошли), там даже метод генерации ссылки описан.
Может вместо "Кодим и декодим, а иногда кино смотрим" посмотреть доку с самого начала, и ролики с того же ютуба, есть и тех потоки битрикса, на которых они сами объясняют и куча других материалов, от той же интерволги.