mplayer'ом: записать в отдельный файлик табличку вида "[имя файла] [время начала] [продолжительность]", потом считывать ее построчно и запускать mplayer как-то так:
mplayer $[имя файла] -ss $[время начала] -endpos $[время окончания] -fs
Файлы, у которых [время начала] больше длительности, будут пропущены «автоматически».
mplayer, по идее, и под мастдай есть.
