Василий

chmod +x /home/me/Desktop/sh.sh

В любой USB порт или в конкретный?

Debian. Ubuntu использует самые свежие версии пакетов (не помню "маркировку" репозитария), но Debian использует только линейку Stable, что означает, что у вас не будет проблем с ПО.

Возможно, вам следует назначить другого владельца? Например на apache:apache?

Ну теоретически возможно. Но нужны логи и как можно больше. За период от первого запуска до обнаружения подозрительной активности. Боюсь, с такими вопросами вам лучше идти на ЛОР (linux.org.ru). Местный формат не очень подходит.
Можете попробовать определить сами. В любом случае, вы должны знать, какие коннекты, откуда и/или куда должны направляться на/с сервера. По каким портам и протоколам. Исходя из этих знаний можно поискать сетевую активность. Все доступы на любой сервер должны быть строго регламентированы. Например, доступ только по SSH, только с конкретного компа. Если веб сервер, открываем 80,443. Остальные должны быть закрыты.
В общем, требуется сузить поиски. И на будущее. Не надо использовать юзерскую ОСь для сервера. Если уж вам обязательно использовать именно линейку deb, то используйте Debian. А лучше CentOS, RHEL.

Копайте в сторону настроек mtu на сетевухе, в убунте. Ваша ситуация напоминает неверную настройку mtu и как следствие - излишнюю фрагментацию пакетов и переполнение ими буфера сетевухи. В итоге, начинаются подобные проблемы.

Нескучные - это с выпрыгивающими клоунами, монстром-щекотилой и периодическими розыгрышами призов?
Если возникает подобный вопрос, рекомендуюначать с азов. И не обязательно на ИНТУИТе. Ищите основы работы в командной строке, написание скриптов, установка пакетов, настройка сети, работа с дисками, настройка iptables.
Затем задайте себе вопрос - "На кой хрен я вообще хочу это изучать?" И постарайтесь найти ответ лучше, чем "стать самым-самым умным и крутым сисадмином в мире!" Конкретную задачу перед собой поставьте, сформулируйте её предельно ясно и вам сразу станет понятно, куда двигаться дальше. А может и забить на Linux. Виндовые админы, поверьте мне, тоже очень не плохо живут.
Что касается виеолекций. Не уверен на счет ИНТУИТа, но на YouTube полно подобного материала.

P.S. Определитесь с дистрибутивом Linux, который вы хотите изучать, потому как на первоначальной стадии изучения между ними огромная разница и стирается она не сразу. Из популярных рекомендую изучить Debian, Fedora, CentOS, Ubuntu. По сути, можете изучить Debian и Fedora, по скольку CentOS в основе своей - Fedora, а Ubuntu - Debian.

Есть еще вариант. Совсем простой. Банальная пингалка. Когда сигнал не проходит по одному каналу, скрипт переписывает основной маршрут и сигнал идет уже по второму каналу.
Из минусов: Извращение, отказоустойчивость на весьма низком уровне, требуется умение писать элементарные скрипты на шелле. Не уверен, но возможно еще оперативка будет серьезно страдать через неделю работы скрипта. Но повторюсь - не уверен.
С другой стороны, проще этого уже только бегать и самому перетыкать.