Dmtm

строго говоряя Dto объекты могут быть на каждом слое, при получении идет маппинг,
entity это бизнес-объекты, они не обязательно преобразуются напрямую, например
name, nickname могут лежать в разных таблицах, а emailVerifed быть вычислимым,
слой бизнес логики умеет собирать Entity объект из объектов слоя Repository

Остался пустяк - как сокращения придумать.

не надо сокращения, достаточно пары байт
штук 5 бит отвести на признак замены а остальное - на ID замененного куска текста
и CRC для проверки что все корректно расшифровано
PS: хотя обычно это делают уровнем ниже, архивацией всего потока даннных при пересылке

второй конечно, только добавить LRU cache
https://habr.com/en/post/136758/
PS: не хочется разбираться c sqlite? понимаю ) но придется

распарсить, записать DOM в файл по узлам в нужном порядке,
помогут SAX парсеры, но можно и в ручную посылать в поток JsonNode
но, подозреваю, что тут попытка использовать xml как report - не надо так
надо что-то типа JasperReports и уже там красиво выводить
PS: по старой памяти про xml написал, но с json все то же самое

алгоритм Бойера-Мура, как раз для образца который не меняется