Если он хочет именно подменить полностью, то выхода два — править непосредственно сорс Zend_Db либо использовать магию runkit расширения. Даже трейты в 5.4 не рантаймовые, так что других выходов нет. Ну а вообще обычно наследуют Zend_Db, инстанциируют его 1 раз и потом засовывают в Registry.
Ну дело в том, что я предварительно погуглил и нашел несколько тем о том, что надо, например, ставить другую прошивку для этого. И датированы началом этого года. Это меня и смутило (: