Все намного проще.
В драйверах Windows, как и во внутреннем софте HDD прописан порог простоя и перехода в эконом режим до полной остановки. При неиспользовании вторым HDD более 5 минут (у каждого производителя hdd свой порог) происходит переход в эконом режим.
Мое железо: Ноутбук, на борту 1 ssd и 1 hdd через кади в приводе DVD.
Настраивал давно и забыл уже о том как это исправил. Переустановил windows и опять пришлось вспоминать.
РЕШЕНИЕ:
1. Устанавливаем CrystalDiskInfo crystalmark.info/software/CrystalDiskInfo/index-e.html
2. Сервис - Дополнительно - Управление AAM/APM
3. Выбираем диск который надо вылечить от сна.
4. Выкручиваем шкалу Расширенное Управление Питанием APM на максимум
5. Жмем кнопку Вкл.
6. Сервис - Дополнительно - Автонастройка AAM/APM ставим галочку
Готово.
P.S. Не забудьте программу поставить на автозагрузку. Она много чем полезна
Качайте только с официального сайта. Она на русском.