В данном случае "www" считается поддоменом. Вот так задавайте куки для ВСЕХ поддоменов в основном домене:
setcookie('Title', 'value', time()+3600, '/', '.domain.ru');
Кстати, страницы с "www" и без него гуглом считаются разными URL, соответственно, разными страницами с одинаковым контентом. А одинаковый контент поисковики не любят, поэтому "www" лучше либо убрать вообще, либо добавить во все URL сайта.
Убрать можно, прописав в .htaccess вот это правило:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
RewriteRule ^/?(.*) http://%1/$1 [L,R=permanent]