Напишите батник себе или задачу для gulp, рекурсивно проходящую по директориям и бросающую их в корень, либо юзайте глобально установленный пакет flatten-deps. А еще, если вы пользователь Total Commander, то shift + del почти всегда нормально все удаляет.
К слову, такая проблема практически всегда бывает с imagemin у всех сборщиков.
