DevMan

можно. примеров в интернете полно.

или поставьте winscp, у них есть целый набор консольных тулз для этого.

зайти по SSH и выполнить что-то вроде find / -type f -perm 0777
этой же командой можно и изменить права.

я бы смотрел в сторону hp microserver: цена такая же как у готовых насов, но мощи и возможностей больше.
пример

filemanager.veno.it
https://github.com/jcampbell1/simple-file-manager
tomicki.net/dir.php

FTP-сервер/клиент не показывает скрытые файлы.
пинайте супорт или курите маны.

начните с https://www.netsarang.com/forum/xftp/363/How_to_sh...

возможно, проблема в неверном режиме передачи данных (есть ascii, binary и еще что-то).
попробуйте разные режимы.

не знаю или подойдет вам, но по FTP умеет конектится родной finder.
osxdaily.com/2011/02/07/ftp-from-mac

в PathFinder кастрированная поддержка FTP: только чтение/даунлоад, отсутствие SFTP.
подключение - Go > Connect to Server. но для нормальной работы я бы рекомендовал другой клиент.

extplorer.sourceforge.net

Лучше ForkLift не встречал.