Команда ftp поддерживает скрипты, которые можно передать команде через опцию -s.
Скрипт просто содержит список стандартных команд ftp, которые нужно выполнить.
Можно, например, одним скриптом ftp получить список файлов в каталоге.
Затем этот список уже батником разобрать, вытащив из него отдельные имена файлов и сформировать второй скрипт по загрузке этих файлов.
Все это думаю можно упаковать в один батник.
Начать стоит с запуска в консоли ftp и сделать то что вы хотите руками. Заодно освоите команды ftp и разберетесь, что писать в ftp-скрипты.