Если файл уже под контролем (был ранее добавлен в репозиторий), то .gitignore на нем работать не будет. Что, собственно, и логично.
Есть два варианта:
- удалить файл -> закомитить -> добавить в .gitignore -> вернуть файл
- удалить из индекса (git update-index --assume-unchanged your-file
) -> добавить в .gitignore