DevMan

1. Class https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/2016.2/sym...
2. проверьте на eap'e. если мигание сохраняется, смело идите к ним в трекер. они вполне отзывчивые ребята.
также можете попробовать поменять в дереве файлов вид с Project на Project Files.

1. правильно. еще более лучше использовать vagrant/docker, но для начала можно и без этого.
2. есть. иначе базу можно поламать.
3. в плане понимания процессов и конфигурирования лучше все самому ручками.
4. есть. привыкайте все делать правильно и набирайтесь опыта с vcs.

Preferences->Editor->Colors & Fonts->JavaScript->Braces
или
Preferences->Editor->Colors & Fonts->Language Defaults->Braces and Operators->Braces
и т.д. и т.п. в любом случае, все настройки подсветки находятся в Preferences->Editor->Colors & Fonts

попробуйте сбросить кеш, https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/2016.2/cle...

может вы имеете в виду разделение рабочей области, а не разные окна?
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/2016.1/spl...

попробуйте снести кеш и переиндексировать:
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/2016.1/cle...

в консоли выполнить:
git clone git@github.com:user/repo.git
соответственно, сначала добавить свой ключ на гитхабе.

так гораздо быстрее, чем разбираться/бодаться с ide.

у тебя же вроде OSX.
если да, то https://coderunnerapp.com/
в инторнетах можно найти починенный, хотя $15 за него немного (учитывая сколько языков он поддерживает).
кодекомплит в нем немного устаревший и тупнячий, но для "скопипастил и запустил" самое оно.

еще есть osxpeppermint.com но его я особо не ковырял.

но в Preferences любого вязанного с продуктами jetbrains НЕТ

такого быть не может, если вы хоть раз запускали шторм.
вангую:
вы смотрите /Library/Preferences, а не ~/Library/Preferences.
плюс раньше директория называлась (емнип) WebIdeХХ, сейчас PhpStormХХХХ.Х.

в файндере нажмите cmd+shift+g, вставьте ~/Library/Preferences (именно так, с тильдой), нажмите ентер и ищите.

https://confluence.jetbrains.com/display/PhpStorm/...

пользуюсь livereload поскольку оно не привязано ни к ОС, ни к редактору.

видите там первая буква подчеркнута?
нажимаете alt + эта буква.

и скролл станет "чистым".

Как убрать рамку (полосу) в phpstorm?

конкретно "CTRL + D для win" итак работает "на mac как ⌘ + D"
да и согласно этому большинство виндовых хоткеев с ctrl, в макоси работают с cmd.

я бы делал 2-а разных кеймепа на основе дефолтных для каждой системы, хотя если часто синхронизируете настройки между системами, то может и имеет смысл добавлять в одну.

что мешает прописать xdebug в php-cli.ini?

Settings -> Editor -> Appearance -> Show right margin
или
Settings -> Editor -> General -> Appearance -> Show right margin

a проще в настройках вбить Show right margin в фильтр.

попробуйте File -> Invalidate Caches/Restart.
лично я предпочитаю с бд работать сторонними средствами.

удалите хоткей в настройках и добавьте заново.
Как настроить хоткей в PhpStorm? с комментариями.