конкретно "CTRL + D для win" итак работает "на mac как ⌘ + D"
да и согласно
этому большинство виндовых хоткеев с ctrl, в макоси работают с cmd.
я бы делал 2-а разных кеймепа на основе дефолтных для каждой системы, хотя если часто синхронизируете настройки между системами, то может и имеет смысл добавлять в одну.