Посмотрите как сделано у ведущих экспертов в этой области - у www.myheritage.com и скопипасте себе их идеи. Если кратко, то у одного человека может быть несколько семейных древ - по каждому на пару родителей.
А вот с парами родителей там затык - слишком привязываются к биологии: нельзя сделать М+М, Ж+Ж, Ж+М+Ж, МММ и прочие популярные комбинации. Вам если эту недоработку в своем сайте исправить, то пользователи с Европы попрут - там сейчас это тренд.