let input = document.querySelector(".input"),
checkboxInput = document.querySelector(".checkbox-input");
Вы ловите только первые попавшиеся элементы. Используйте
querySelectorAll чтобы отловить все элементы, а потом уж пробегаться по ним в цикле.
И еще, сбрасывайте код либо в специальных тегах во вкладке
</>
или в песочнице, например,
тут, более удобно читать его))