Пока сам дописал до такого вида, вроде работает.
payload = '------WebKitFormBoundary7MA4YWxkTrZu0gW\r\nContent-Disposition: form-data; name="properties"\r\n\r\n' + str(data).replace('\'', '"') + '\r\n------WebKitFormBoundary7MA4YWxkTrZu0gW--'
headers = {
'content-type': "multipart/form-data; boundary=----WebKitFormBoundary7MA4YWxkTrZu0gW",
'Content-Type': "application/x-www-form-urlencoded",
'Cache-Control': "no-cache"
}
req = requests.patch('http://' + config['server']['api'] + '/api/nodes/' + id, data=payload, headers=headers, auth=(self.mail, md5(self.psw)))
Если будет лучшие решение изменю.