Как из вариантов, например можно сохранить in-Memory бд ip пользователя с которого пришел запрос, так как нужно будет проверять каждое соединение.
Так как вы пишите на express'e то скорее всего вы будете/используете NGINX, то эффиктивнее можно будет использовать соебразный blacklist в нём.
# /usr/local/nginx/conf/some.conf
include blacklist.conf;
# /usr/local/nginx/conf/blacklist.conf
location / {
# ip's
deny 8.8.8.8;
}