Наверное проблема в руках, а не в бутстрапе... Там сетка 12 колоночная, соответственно, если вам нужно 2 колонки, то и используете подряд .col-md-6, с одинаковым префиксом.
Bootstrap построен на LESS - и у них на сайте вы можете задать все необходимые для вас размеры и затем пользоваться сгенерированным ксс-ом.
Ну с какой целью вы хотите использовать бутстрап?
Вёрстка бутстрапа подразумевает адаптивность, что собственно и происходит... А то что вы это не учли - это ваш косяк. Либо допиливайте под адаптивность, либо выключите её.
У вас проблема в последовательности дивов. Элементарно отрываете FireBug и видите, что футер у вас лежит внутри блока с последними работами, а должен, я так понимаю по соседству с #wrap
Не совсем понятно почему по ДОМУ у вас сначала идёт контент, а потом сайдбар - это первое...
Во-вторых если их поменять местами, и для сайдбара сделать left: 0, а для контента right: 0, то всё ровно будет.