Еще, как вариант можно использовать msbuild.
Но тогда, вы должны понимать структуру csproj-файла.
На словах, в него нужно добавить что-то такое:
<ItemGroup>
<EmbeddedResource Include="Some\Relative\Path\To\File.ext" />
</ItemGroup>
Это первая часть. Вторая часть, реализация копирования, тут собственно вам все карты в руки.
GetType().Assembly.GetManifestResourceNames()
даст все внедренные ресурсы,
GetType().Assembly.GetManifestResourceStream(name)
даст поток на внедренный ресурс по имени, хранящемся в переменной name. Поток уже пишете в файлы, если данного файла нет. Имя файлы можно взять из name, опять же.
Пересобрать solution через MSBuild тоже достаточно просто:
MsBuild.exe [Path to your solution(*.sln)] /t:Build /p:Configuration=Release /p:TargetFramework=v4.0
TargetFramework=v4.0 нужно ставить в зависимости от нужного фреймворка.