Имхо лучше сделать свою сборку из scss-исходников bootstrap. Без bootstrap возможно придется использовать больше css и js, что повлияет на скорость загрузки (пусть и не сильно большая разница будет).
По поводу дизайна меню, есть интересная
статья, но там статистика для декстопов.