Для .container задан flex. Значит, задавать для .block inline-block - бесполезно, потому что будет всё равно блок (если мы не будем сейчас думать о "на всякий случай").
Но уже внутри .block есть дочерний элемент .block-item тоже имеющий inline-block.
А после них браузер делает "пробел". И то, что вы видите красное - это он и есть.
Как лучше чинить зависит от макета, вашей схемы недостаточно. Ну разве что банальные советы поменять на флекс или обычный блок или разобраться с vertical-align
.