Разница не существенная. Все зависит от преподавателей, от дальнейшего направления, от кафедры, от еще чего-то.
Но я бы приоритет задал на прикладную.
Вот, мне нравилась сначала математика, потом все эти исследование стало надоедать и я начал уже программировать.
