1. коммитишь все измения в локальном репо
2. git pull (решаешь проблемы с мержем)
3. можешь отправлять свои локальные комиты в удаленный репо
P.S.
Если работать с гитом из терминала, то если какую-либо команду не удается выполнить, то гит выводит подсказки