Если по итогу будет 4 разных js-бандла, по одному на каждое приложение, то просто сделать 4 стартовых html-страницы, каждая из которых будет подключать свой бандл. На уровне веб-сервера (nginx/apache) для разных урлов/доменов выдаем нужную страницу.

Если делаете в связке React + Express, то каждое приложение Express'а можно навесить на разные порты, и веб-сервером проксировать разные домены/урлы на нужный экземпляр Express.

Вариант 1. Сделать как написано в документации . Вместо
echo json_encode($customers);
Делаем так:
return $response->withJson($data);

Вариант 2.

header('Content-Type: application/json'); //HTTP загловок
echo json_encode($customers);
die(); //Стоп. Не возвращаем стандартный response от слима

Поможет экранирование для символа переноса, например вот так:

$var = ['1', addcslashes('Вот это ' . PHP_EOL . ' многострочная строка', PHP_EOL)];

Экранировать строку надо до того, как загонять ее в json_encode.

Но в общем случае, если вам приходится так делать, значит что-то не так с архитектурой. Посмотрите на ответ выше.