Можно в базе завести дополнительную колонку, по которой понимать, по какому алгоритму у пользователя записан пароль в базе. Для старых при авторизации перехешировать по новому.
Под пингвином норм все, на Винде ситуативно, но тоже можно жить. Сразу порекомендую в Хроме вырубить аппаратное ускорение, и при обновлении драйверов не сохранять конфиги Adrenaline.