Aleksandr Yurchenko, обычно делают два хитачи файла, первый в корне домена, второй в папке web(public) корневой кидает на другой индекс
Вроде подобная схема в yii
Aleksandr Yurchenko, по поводу инклюдов, почитайте про composer и psr-4
По поводу функции или классов типо generateId сделайте ещё папку хелперы и делайте из этих классов помощников, группируя по назначению, и можно даже трейтами
Статья про psr https://elisdn.ru/blog/134/four-pillars-of-psrs