tosrer, вообще эта проблема решается константами, то есть вы пишете приложение, и создаёте константы, например ROOT , потом используя эту константу добавляете нужные папки через другие константы, ну а если надо что то подключать, то лучше использовать psr-4 и автолоад
Примеров вагон можно найти, ну и сам движок возможно это уже умеет из коробки, надо разбираться