Я думаю, придется провести нагрузочное тестирование.
Было время, когда я отвечал однозначно - аппаратный контроллер лучше.
Потом столкнулся с ситуацией, когда полудохлый адаптек приводил к развалу файлухи (а развал файлухи на сервере бэкапов - это весело аж пипец!).
Потом - когда аЦки перегревающийся другой адаптек (получше) приводил к падению сервера кернелом кверху (на файлухе была уже XFS, и она иногда выживала)
Потом получил относительно современный MegaRAID и сейчас все, милостью Господней, тикает как надо.
Поэтому Вам нужно будет собрать рейд на контроллере и дать ему реальную нагрузку. И посмотреть, что получится. Если не будет падений и аварий - ну можно использовать его...
