Никак. Системные пути hardcoded. Изменить их можно только пересборкой самого gcc. Makefile для того и служит, чтобы прописать все необходимые пути и прочее. И именно поэтому поверх него накрутили столько всяческих вещей - pkgconfig, autotools, cmake - они все вроде как призваны облегчать работу программиста по формированию проекта, но на самом деле запросто способны его в хлам запутать, особенно cmake :)
Если Вы задумались над переносимостью проекта - то Вам либо с autotools разбираться (хотя с ними придется разобраться в любом случае), либо с cmake.