CityCat4

Так сделать можно, но бессмысленно. Пользователь должен попадать в преогромную кучу папок, иначе у него просто ничего работать не будет.

При старте чего? Компьютера? Профиля? При локальном входе? Есть сотни способов.

Можно убить в /etc/xdg/autostart ярлык с именем "чего-то-там-xdg-userdirs" Точно название не помню, но смысл такой. Или же такой ярлык мог прописаться в локальный autostart. Меня тоже бесят эти папки, но я поступил гуманнее:

> cat user-dirs.dirs 
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/personal/downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/personal/templates"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/personal/documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/personal/music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/personal/pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/personal/video"

- установить места, куда должен класться сертификат и что для этого нужно сделать
- довести "что нужно сделать" до состояния, когда не требуется ввода паролей, ключей или еще чего
- автоматизировать действие путем включения его в:
- pam (в секцию session)
- .bash_profile
- каталог автостарта гуя (если используется гуй). Метод с гуем предпочтительней, если могут возникать задержки, потому как .bash_profile отрабатывает понятное дело асинхронно.

Если тачка в домене, то sssd уже сделало все за Вас - любой доменный юзер равен локальному, но служба, которую запускаете должна зависеть от sssd, чтобы к моменту ее запуска доменные юзера уже были.

Окей, гугл
single mode
emergency mode

Если есть ssh, значит есть и сеть. Если нет NetworkManager - это просто нет NetworkManager, это не такое уж и нужное приложение для работы сети.
Что показывает ip addr list?

Каким образом "увеличил"? Прибавил места в менеджере VM? А откуда ведро должно узнать о том, что его стало больше?
Ребутните - места прибавится.
Только не надо удалять vda3 - систему убьете :) Либо ресайзом физического раздела, либо создать на добавленном месте новый том, и прибавить его к группе томов - я бы сделал последнее - это проще и надежнее (меньше шансов убить систему при неосторожной кривости рук)
fdisk, добавить том
pvcreate - создать том LVM
vgextend - расширить группу томов
lvresize - расширить том LVM
resize2fs - изменить размер файловой системы.

Если развертывается свой CA, то в винде к контейнер "Доверенные корневые..." помещается сертификат этого CA. После этого все сертификаты, выпущенные в этом CA (и в его подчиненных CA, буде есть такие) - станут валидными.
Для линуха скопировать сертификат в /etc/ssl/certs (или куда настроено в openssl) может быть недостаточно, нужно линк создавать.
Насчет именри в сертификате - для веб-сервисов проверяется поле CN, в нем должно быть совпадающее имя.

Какой сертификат здесь имеется в виду?

Сертификат сервиса. Корневой должен находиться в /etc/ssl/certs

В указанном файле не сертификат, а что-то другое - CRL, CSR, ключ или вообще произвольная фигня

Простите, Вас интересует американский интернет-провайдер? А может быть чипсет, производимый SigmaTel? Или ген STEMP2?

Если не слишком прошаренный - прошарься. Или найми прошаренного. Или просто откажись от этой идеи - не думаю, что мир что-то потеряет :)

Начинают обычно с вопроса - "а кому-то это нужно - писать гуй для того, что прекрасно делается и без него"?

man mkswap
man swapon

Гит - штука зело популярная, так что наверняка такое уже давно написано. Или в качестве just for fun? Тогда берем исходники - и вперед!

Потому что они не называются "VPN для Linux". Они обычно называются своими названиями. Наиболее популярные - это OpenVPN и Strongswan.
Но там скорее всего не будет никаких гуев. От слова совсем. Нормальному VPN гуй противопоказан категорически. Потому что VPN, поднятый на "конфиге Васяна" запросто пустит твой трафик через точку какой-нибудь спецслужбы :)

Также как прокси скрывает IP клиента :) Так же как провайдерский NAT скрывает внутренний IP локалки. Это конечно две разные технологии, но они применимы здесь.

В чем разница между пакетами ?

Формат упаковки, спецификация

Какими они бывают?

Разными

В чем разница между репозиториями?

В поддержке того или иного дистрибутива и той или иной версии

но почему не могу с Aur?

Да почему не можете-то? Кто помешает?

Идея пакетного распространения - это более-менее автоматическое обслуживание большого количества машин - десятки, сотни, тысячи. Как поставить одну и ту же программу с одними и теми же настройками на сотню компьютеров?
Пакет - это архив, с котором все файлы для работы программы плюс самое главное - спецификация установки, то есть сценарий, который будет выполнен установщиком. Это он инструктирует проверить зависимости, создать каталоги, разложить файлы, сделать те или иные действия. Никто не мешает скачать пакет вручную, разобрать его на запчасти и самостоятельно его разложить - но вовсе не факт, что программа заработает.
Пакеты - это в первую очередь о глупых юзерах, которые не понимают в установку. Им нужно, чтобы тык-мык - и полетело. Пакетный дистриб это обеспечивает. Да, он накладывает ограничения - но за удобство нужно платить...