Ох. это Вы сильно всё в кашу смешали.
АТС - вендорозависимое - каждый вендор "обычных" АТС извращается очень и очень по своему. Для работы и обслуживания с каждой АТС надо проходить свои курсы, иногда не один год, не считая общего понимания, как это всё работает.
voip - тоже очень широкое понятие - MS Lync, avaya, SIP, rtp/rtsp, asterisk - это всё по отдельности очень толстые направления, с которыми разбираться надо очень долго. а еще если это всё брать, надо разбираться с полным стеком tcp/ip, QoS, безопасностью и защитой голосового траффика.
Отдельно еще стоят вопросы скрещения между собой разных зверей, вроде подружить между собой Lync и Asterisk, например.