Александр Черемхин

Возврат правильный. Вы получили документ который удовлетворяет вашему запросу.
У этого документа в поле data, есть элементы массива, где timestamp больше равно 2 и меньше 4
Запрос вернул документ в том виде в котором он есть в коллекции, запрос не фильтрует массив, он использует элементы массива для поиска.
Если Вы собираетесь фильтровать массив то можете в сделать это, после выполнения запроса, в найденных документах.

Удалите коллекцию Product вручную.

const { email, tablesState } = req.body
            Users.findOne({ email })
               .then(doc=>{
                    doc.tableState = tableState;
                    return doc.save();
                })
                .then(doc=>res.json(doc))
                .catch(err=>handlerError(err);

res.render(`orders`, {
            isOrders: true,
            orders: orders.map(o => {
                return {
                    ...o.toJSON(), // !! используйте вместо _doc
                    price: o.courses.reduce((total, c) => {
                        return total += c.count * c.course.price
                    }, 0)
                }
            })

Поиск в массивах
https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/query-arrays/

В вашем случае скорее всего

productModel.find({‘details.chipsets’ : {$all:[‘z370’, ‘z390’ ]}});

poolSize, который выставлен на 250.

Дефолтное значение равно 5. Вы выставили значение в 50 раз превышающее рекомендованные. Видимо для этого у Вас были веские причины.
Если не секрет то какие ? Возможно ли уменьшить количество соединений? Падает ли в этом случае pool ?