Почитай, что такое относительный путь, и что такое рабочий каталог.
Это, на минуточку, школьный курс информатики.
Ты указываешь относительный путь к файлу при открытии, поэтому путь разрешается относительно текущего рабочего каталога. Разные IDE могут указывать разные каталоги как рабочие при запуске скрипта, не говоря уже о том, что при запуске скрипта из терминала рабочим может быть любой каталог.
А ещё рабочий каталог может меняться во время работы скрипта.
Так что если тебе нужен путь к файлу именно рядом со скриптом, строй этот путь сам, используя модули sys и pathlib (ну или os.path, если по-старинке).
import sys
import pathlib
# каталог, в котором лежит скрипт
APP_DIR = pathlib.Path(sys.argv[0]).parent.resolve()
# файл в этом каталоге
my_file_path = APP_DIR / 'Token.txt'
with my_file_path.open('rt') as f: # получаем файловый объект, как обычно
data = f.read()
