Смотря какую задачу вы планируете решать.
-Конечные пользователи будут всегда сидеть на Windows
-Сервера приложений сейчас, да и в дальнейшем будут разворачиваться на linux (тут согласен с
Рональд Макдональд , deb дистрибутивы популярнее)
-Но в большинстве компаний используются AD, RDP и прочие решения Microsoft... соответственно серверные Windows тоже восстребованы.
P.S. для себя сделал выбор что пользовательская ОС - Win, серверная - Lin. Так что серверные приложения изучаю на основе Linux (Ubuntu), пользовательские на Windows (Windows 10)