Точно не знаю как это делается в WTForms, но в Django это делается несколько иначе.
Там существуют композитные виджеты, т.е поле одно, а рендерится оно в два или больше инпутов.
При валидации получается только одно значение.

Вот в WTForms нашел похожий момент wtforms.simplecodes.com/docs/0.6.1/fields.html#fie...

Вам же выше ответили, что в доке это всё есть. Или вам нужно чтоб за вас сделали? Ну вот на первый раз я за вас сделал, но вам должно быть стыдно. Добавьте к модели Forum:

groupobjectpermission = GenericRelation(GroupObjectPermissionBase, 
                                 content_type_field='content_type',
                                 object_id_field='object_pk')

И тогда будет работать как вы и хотели - Forum.objects.filter(groupobjectpermission__permission__codename='view_forum')