Я работаю с субдоменами, если это коммерческие сайты. Результаты хорошие.
Перебрал все варианты присваивания регионов к основному домену — результат не очень. Но если вам нужно всего пару регионов, то конечно можно работать с одним сайтом.
Но если работать с геонезависимыми запросами, то тогда с региональной пренадлежности можно вообще не париться.