Использовать стоит, но без фанатизма.
Кроме bootstrap, ещё стоит знать\уметь uikit, semanticui, foundation, material base, bulma, etc. На каждую задачу используется свой фреймворк\сборка. Не всё завязано на bootstrap. Они (сборки\фреймворки) для УПРОЩЕНИЯ и УСКОРЕНИЯ рабочего процесса, а не как данность.
Например, если заказчик просит сайт в material design, то, разумеется, следует форкнуть material base и использовать в основе; если заказчик просит flexbox во чтобы то ни стало, то за основу следует взять bulma... По аналогии дальше.
От задачи формируется видение используемого инструментария.