В общем случае контроллер может знать о моделях.
В вашем случае:
Во-первых, используйте не процедурный подход (а у вас именно так, несмотря на классы), а ООП.
Во-вторых, list_posts лучше не многомерным массивом, а массивом ActiveRecord-моделей Post.
В-третьих, getCommentsFromPostIds() надо вызывать не у левой модели, а getComments() у вышеуказанной модели Post. Причем, это правильнее сделать прямо во View при отображении.