Вот одна из стратегий развертывания:
1) Выкладываете свой проект на github или bitbucket.
2) Подключаетесь к продуктовому серверу и устанавливаете git (например sudo apt-get git)
3) Загружаете проект из репозитория git pull -u origin master (пример)
4) Устанавливаете npm и node.js
5) Устанавливаете forever и запускаете через него свое app (если express www)