Если вы подключайтесь с машины из под windows или linux то rdp сеанс позволяет пробросить ключи до вашего сервера. Каждый пользователь будет видеть свой ключ. Если подключение через тонкий клиент то будет зависеть от именно тонго клиента. Например wtware позволяет это делать, про thinstation и другие не могу дать ответ.
UPD
Что выдал поисковик.
----------
Да, можно настроить проброс ключей «Рутокен» по протоколу RDP, но при определённых условиях. 3
Некоторые требования:
Токен должен быть подключён к локальному компьютеру. Работа с токенами, подключёнными к удалённой машине по протоколу RDP, невозможна. 3
В программе удалённого рабочего стола (RDP-клиента) должен быть включён проброс смарт-карт. 3
Для корректной работы модели «Рутокен S» драйверы «Рутокен» должны быть установлены и на терминале, и на сервере. 3
При одновременном подключении пользователей по протоколу RDP к удалённому компьютеру каждый пользователь работает только со своим «Рутокеном» и видит только свои ключи и сертификаты в Панели управления «Рутокен». 3
Для доменных систем в случае, если проброс смарт-карт включён, а работать с токеном не получается, нужно проверить настройки групповых политик сервера. Для этого необходимо перевести настройку «Не разрешать перенаправление устройства чтения смарт-карт» в состояние «Отключить». После изменения политики нужно перезагрузить сервер, чтобы изменения вступили в силу. 3
Если самостоятельно настроить проброс ключей «Рутокен» по протоколу RDP не удаётся, рекомендуется обратиться к специалисту.