Пусть my_user - тот, юзер, в директории которого работает сайт.
1) В nginx.conf ставьте
user my_user; # вместо user nginx;
2) В php5/fpm/pool.d/www.conf
# Найдите и исправьте на
user = my_user
group = my_user
listen.owner = my_user
listen.group = my_user
3) Перезапуск nginx и fpm. Далее на папку /var/lib/nginx/tmp руками ставьте права 0700 на пользователя my_user
chown -R my_user:my_user 0700 /var/lib/nginx/tmp
4) PROFIT
