Берем конфиг апача. Если бы написали ОС я бы ответил чуть точнее. В конфиге пишем
NameVirtualHost *
Include sites-enabled/
В директории с файлом конфига апача создаем директорию sites-enabled
в ней создаем файлы виртуальных хостов вида:
/sites-enabled# cat domain.ru
<VirtualHost *>
ServerName ИмяДоменаN
ServerAlias www.ИмяДоменаN
DocumentRoot /var/www/vhosts/ИмяДоменаN/httpdocs/
<Directory />
Options FollowSymLinks
DirectoryIndex index.php
AllowOverride All
</Directory>
AccessFileName .htaccess
ErrorLog /var/www/vhosts/ИмяДоменаN/logs/error.log
CustomLog /var/www/vhosts/ИмяДоменаN/logs/access.log vhost_combined
</VirtualHost>
один файл - один домен.
PS. Посоветую таки воспользоваться специальными системами управления сайтом типа ISPanel или EHCP