Берем конфиг апача. Если бы написали ОС я бы ответил чуть точнее. В конфиге пишем
NameVirtualHost *
Include sites-enabled/
В директории с файлом конфига апача создаем директорию sites-enabled
в ней создаем файлы виртуальных хостов вида: 
/sites-enabled# cat domain.ru
<VirtualHost *>
        ServerName ИмяДоменаN
        ServerAlias www.ИмяДоменаN
        DocumentRoot /var/www/vhosts/ИмяДоменаN/httpdocs/
        <Directory />
                        Options FollowSymLinks
                        DirectoryIndex index.php
                        AllowOverride All
        </Directory>
        AccessFileName .htaccess
        ErrorLog /var/www/vhosts/ИмяДоменаN/logs/error.log
        CustomLog /var/www/vhosts/ИмяДоменаN/logs/access.log vhost_combined
</VirtualHost>
один файл - один домен. 
PS. Посоветую таки воспользоваться специальными системами управления сайтом типа ISPanel или EHCP