Для начала зайдите в админку в Настройки - Постоянные ссылки и попробуйте поменять вид ссылок и жмите сохранить, а потом верните все назад и снова сохранить. Так обновится файл htaccess.
Не поможет попробуйте поковырять в плагине WP htaccess Control
Плюс в функцию регистрации таксономии register_taxonomy передать параметр 'rewrite'=> array('with_front'=>'true')
