После смены протокола яндекс предупреждает, что не все страницы могут попасть обратно в поиск, и не факт что останутся позиции, но что сможет он добавит и на это нужно время. Думаю о вас обычная переиндексация. Попробуйте проверить в инструментах яндекса и гугла сайт на оптимизацию под мобильные устройства.
В яндекс вебмастере возможно придётся добавить сайт повторно с новым протоколом.