TOParh

Скорее всего проблема в сети, что-то блочит доступ к агенту.
Посмотрите, что пишет сервер /var/log/zabbix/zabbix_server.log И что пишет клиент /var/log/zabbix/zabbix_agent.log
С сервера запустите тестирование агента

zabbix_get -s 192.168.88.2 -k agent.ping

Утилита вернет вернет 1, если агент доступен, и не вернет ничего, если агент недоступен. В последних версиях утилита также может указать на ошибку.

Я бы к решению этого вопроса зашёл с другой стороны, более долгий путь.
1) Начал бы перевод компов на линукс с подключением к существующему AD у фокус-группы (20-30 штук)
2) Потом бы поднял FreeIPA и связал его с контроллером домена. Посмотрел как будут себя вести компы в домене и линуксовые и виндовые, а то много всяких косяков может вылезти.
3) Если мелкие проблемы будут решены, продолжил бы постепенный перевод ПК на линукс.
4) И только когда все сервисы и пользователи будут перенесены на линукс системы и будет стабильная работа, только тогда выводим виндовый контроллер домена

Вам бы хороший mail gateway либо касперского либо dr.web, а если денег нет то Proxmox Mail Gateway (с ним шансов что-то важно упустить значительно меньше)

Можно развернуть ещё один временный сервер AD (подойдет обычный ПК или виртуалка ) сделать его основным, затем вывести из домена сервер на котором лицензия Standart Evaluation и переустновить на него Windows c лицензией. И потом накатить на него роль AD.
P.S. и я бы оставил второй сервер AD - так иметь только один сервер авторизации это не есть хорошо с точки зрения безопасности и работоспособности всей инфраструктуры.

Отвечаю по пунктам
1. Отказоустойчивость с одним КД быть не может. Отказоустойчивость достигается избыточностью, это когда более двух. Вам, возможно, подойдет правило - быстро поднятое не считается упавшим)))
2. Про Acronis ничего не скажу, а вот Veeam B&R Free Edition вам очень в этом поможет, он даже может гранулярно восстанавливать объекты AD
3. Встроенная майкрософтовская бэкапилка вам тоже подойдет, но не факт что после восстановления из бэкапа КД нормально заработает, а вот с Veeam B&R Free Edition все прекрасно заработает - проверено на личном опыте.
4. Если вы ограничены в бюджете делайте виртуалку с КД и второй КД поднимайте на железном ПК с минимальной конфигурацией ЦП-i3/ОЗУ-6Гб/ЖД120Гб - этого хватит, если вы на нем ничего больше ничего ставить не будете.
5. Не советую так делать - получите ошибки разсинхронизации в AD

www.mailenable.com - есть такой бесплатный продукт, но только нет русификации "из каробки"

Есть такая статья interface31.ru/tech_it/2015/11/adminu-na-zametku-1... Вы все пробовали?

Все зависит от задач что вам нужны. Если просто сделать терминалку для двух подключений в которой будет крутиться только Office 2003 и всё - то работать оно будет, вот только изрядно тормозить, за что вас пользователи вас возненавидят. Про серфинг в интернете я вообще молчу. Из этого железа можно сделать для двух человек только файлообменник или бэкапилку для небольшого объёма инфы.

Собственно как вижу я
1. Найдите старенький ПК хотя бы с двухядерным процом, жеским диском на 40Гб, и 4Гб ОЗУ - желательно чтобы железо было надежным, проверенным. Вот на нем и подымайте AD DS.
2. Тут однозначного ответа я вам не дам. Все зависит от индивидуальных особенностей вашей инфраструктуры. Из того что вы описали правильнее проксю повесить на отдельный интерфейс.
3. Бэкапить можно полностью виртуалки бесплатным Veem'ом в связке со скриптом на PowerShell. Вот только надежность бэкапа у вас будет слабовата - вы же будете хранить на том же серваке, может всё-таки хоть какую-нибудь СХД однодисковую закупить?

TechNet, Labs и все ресурсы по Microsoft можно не советовать.

А задачи которые требуют решения у тебя есть? Принт-сервер, или дедупликацию, или виртуализацию, или кластеризацию, или ещё стопитьсот других фитч вы уже разворачивали в 2012 r2?

Итак если я все правильно понял вам надо перенести ВМ с контроллером домена в другой офис по существующему каналу VPN. Мне видеться два пути:
1. Перенести ВМ при помощи встроенного в vCenter механизма vMoution
2. Перенести при помощи Veeam - там есть схожий механизм Quick Migration
Еще пару замечаний
1. Все работы лучше проводить во вне рабочее для вашей конторы время и предварительно сделав БЭКАПЫ
2. Перенос ВМ контроллера домена лучше совершать в выключенном состоянии.

если все ПК одинаковой конфигурации, то создайте золотой образ с первой машины, а затем используя Acronis или CloneZilla и sysprep разливайте на последующие ПК.