предполагается что их там будет немного. поэтому либо в один файл либо инклюдить.
если вы собираетесь писать десяток контроллеров и столько же моделей, то возьмите ларавел, такой же микрофреймворк только все лучше организовано и больше функций.
(микрофреймворк lumen не рекомендую, там отличия от полного laravel минимальные)
