Какую cms выбрать wordpress или modx для начинающей студии?

Полностью согласен. MODX как по мне так притягивает своей эргономикой и нелинейностью.

Судьба детализированного прототипа Axure?

Можете для прототипирования использовать macaw. Неплохой код на выходе :) валидный.

Почему composer не подтягивает зависимости зависимостей?

может ошибка в composer.json?
Либо необходимо:
php composer.phar global require "fxp/composer-asset-plugin:~1.1.1"

Как эффективнее всего изучать yii2?

Для создания нормальных и правильных сайтов вам необходимо закончить курсы по ООП PHP. Окончив их у вас не будут появляться вопросы о выборе фреймворка и работе с ним. Без знания ООП ваш код подчёркнутый из книжек со временем превратиться в гавнокод.

Как эффективнее всего изучать yii2?

Прежде чем приступать к работе на Yii2 необходимо хотя бы ознакомится с существующей документацией чем писать сей бред.

Какие юзать курсы по HTML, CSS, PHP для начинающих?

Лучшие курсы которые я встречал. Тоже советую.