Ninja Mate: пример про другое, сравнение refs и findDOMNode. Выше я не совсем правильно написал, истанс - это отрендеренный компонент, экземпляр класса, а в refs находятся DOM-элементы инстанса. Не думаю, что непосредственно с инстансом стоит работать.
Делать нужно практически как Никита Гущин написал в ответе, только без findDOMNode - пример
Ninja Mate: мне с d3 не приходилось работать, но думаю, при удалении контейнера сборщик мусора подчистит то, что он содержал, а внешние нужно удалять вручную из componentWillUnmount. Вообще, внешние совсем делать не стоит.
Никита Гущин: а зачем ReactDOM.findDOMNode(this.refs.container)? this.refs же и так инстансы компонентов содержат - DOMNode, которые ReactDOM.render создаёт.